RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Математическая биология и биоинформатика // Архив

Матем. биология и биоинформ., 2010, том 5, выпуск 2, страницы 202–214 (Mi mbb55)

Эта публикация цитируется в 1 статье

Математическое моделирование

Метод псевдосредних функций в теории RISM. Температурная зависимость гидратации пептида окситоцина

Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев

Институт математических проблем биологии РАН

Аннотация: Выполнены молекулярно-динамические расчеты пептида окситоцина в диапазоне температур от 280 до 340 К в различных окружениях, включая явный водный растворитель. По полученным геометрическим конфигурациям пептида вычисляли энергию Гиббса, решая уравнения RISM для псевдосредних корреляционных функций, и сравнивали различные функционалы энергии Гиббса или избыточного химического потенциала. В приближении гауссовых флуктуаций и в теории парциальных волн энергия Гиббса не зависит от температуры. Расчеты по формуле Сингера–Чандлера или ее модификациям, учитывающим отталкивательные поправки, указывают на линейную зависимость энергии Гиббса от температуры. Анализ показывает, что температурная зависимость обусловлена членом, пропорциональным квадрату полной корреляционной функции.

Ключевые слова: RISM, псевдосредние корреляционные функции, термодинамика, температурная зависимость, интегральные уравнения теории жидкостей.

УДК: 577.3, 544.35

Материал поступил в редакцию 01.12.2010, опубликован 17.12.2010



© МИАН, 2024