Типологические подходы к распознаванию рода и подрода коронавирусов по структурным и неструктурным генам

В работе предлагаются типологические подходы к распознаванию рода и подрода коронавирусов на основе частот кодонов в кодирующих последовательностях их генов. Распознавание осуществляется на основе статистики, выявляющей отклонение рассматриваемого гена коронавируса от соответствующего гена из генома известного рода или подрода. В работе рассматривались структурные S- и N-гены, и также неструктурные гены, объединенные единой рамкой считывания ORF1ab. Три из четырех подходов выявили высокую эффективность распознавания рода и подрода коронавирусов на основании N-гена. В последовательности N-гена были выделены кодоны наиболее значимые для распознавания. Предложенный статистический подход для определения таксономической принадлежности вирусов является менее трудоемким в сравнении с методами филогенетического анализа и может быть использован для аннотирования вирусных геномов.