Моделирование вторичной структуры полимерной цепи

Представлены результаты компьютерного моделирования заданной вторичной структуры гомополимера (спирали с определенной пространственной ориентацией) на основе метода ланжевеновской динамики. Формирование спиралеподобной структуры обеспечивается специальным модельным внутримолекулярным взаимодействием. В целях исследования глобулярных конформаций с элементами вторичной структуры в модели также используются притяжение между звеньями и взаимодействие исключенного объема. Для того чтобы сравнить конформаций, полученные при различных значениях параметров, введены аналоги расстояния – локальная и глобальная меры различия. Рассчитаны зависимости радиуса инерции цепи и введенных мер различия от параметров внутримолекулярных взаимодействий. Изучение конформационных свойств цепи проведено на основе анализа данных зависимостей. В результате этого анализа построена диаграмма основных типов конформаций при различных значениях параметров.