RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Программные системы: теория и приложения // Архив

Программные системы: теория и приложения, 2017, том 8, выпуск 2, страницы 45–68 (Mi ps262)

Эта публикация цитируется в 1 статье

Программное и аппаратное обеспечение распределенных и суперкомпьютерных систем

Компьютерные средства анализа транскриптомных данных: программный комплекc ExpGene

А. М. Спицинаa, А. О. Брагинb, А. И. Дергилевa, И. В. Чадаеваb, Н. Н. Твердохлебb, Э. Р. Галиеваb, Л. Э. Табихановаb, Ю. Л. Орловb

a Новосибирский государственный университет
b Институт цитологии и генетики СО РАН

Аннотация: Технологии высокопроизводительного секвенирования ДНК позволяют получать данные экспрессии генов в масштабе генома, как на микрочипах, так и на основе транскриптомного профилирования. Необходимо развитие новых компьютерных методов анализа таких данных, опирающихся на суперкомпьютерные технологии. Рассмотрены задачи анализа транскриптом в контексте вычислительной сложности. Представлены примеры применения программного комплекса ExpGene для статистической обработки и визуализации транскриптомных и микрочиповых данных. Показаны приложения для анализа транскриптом отделов мозга лабораторных животных.

Ключевые слова и фразы: биоинформатика, программный комплекс, секвенирование ДНК, транскриптом, экспрессия генов, микрочипы, базы данных.

УДК: 57.05; 004.031.2

Поступила в редакцию: 17.04.2017
Подписана в печать : 15.05.2017

DOI: 10.25209/2079-3316-2017-8-2-45-68



© МИАН, 2024