RUS  ENG
Полная версия
ЖУРНАЛЫ // Информатика и автоматизация // Архив

Тр. СПИИРАН, 2016, выпуск 47, страницы 225–240 (Mi trspy900)

Алгоритмы и программные средства

Полногеномный поиск ассоциаций с использованием матриц парных сравнений

Л. В. Уткинa, Ю. А. Жукb

a Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого (СПбПУ)
b Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики (Университет ИТМО)

Аннотация: Предлагается простой метод определения значимости объектов популяции при установлении ассоциации между однонуклеотидными полиморфизмами и количественными признаками в полногеномном поиске ассоциаций. На первом этапе сравниваются пары объектов популяции с точки зрения расстояния между ними по фенотипу и генотипу. На втором этапе строятся матрицы парных сравнений объектов и вычисляются веса объектов в соответствии с аддитивной и мультипликативной шкалами. Показывается, как можно модифицировать метод Лассо с использованием весов. Числовые эксперименты с реальными данными иллюстрируют предлагаемый метод.

Ключевые слова: биоинформатика; регрессия; полногеномный поиск ассоциаций; парные сравнения; Лассо; аддитивные и мультипликативные шкалы.

УДК: 57.087

DOI: 10.15622/sp.47.12



Реферативные базы данных:


© МИАН, 2024