Применение суперкомпьютеров для молекулярно-динамического моделирования процессов в конденсированных средах

Рассматривается применение метода классической молекулярной динамики на суперкомпьютерах. Исследована эффективность распараллеливания пакета LAMMPS вплоть до 8 тысяч ядер на МВС-100К МСЦ РАН. Выработаны рекомендации по его эффективному использованию, обсуждается выбор числа частиц и времени расчета. Представлен набор моделей и подходов для молекулярно-динамического моделирования фазовых превращений и разрушения. Проведен анализ предсказательности моделирования на основе сравнения результатов расчетов с экспериментом. Расчеты выполнены в МСЦ РАН и на кластере МФТИ-60 кафедры информатики Московского физико-технического института. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 09-08-12161-офи-м), программ фундаментальных исследований РАН № 1, 2 и Федеральной целевой программы “Научные и научно-педагогические кадры инновационной России” на 2009–2013 гг. (Государственный контракт Федерального агентства по науке и инновациям № 02.740.11.0200). Статья подготовлена по материалам доклада авторов на международной конференции “Параллельные вычислительные технологии” (ПаВТ-2010; http://agora.guru.ru/pavt).