Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94.

Рассмотрен алгоритм FARS (Fire Algorithm for Rings Search) расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Алгоритм предназначен для использования при решении задачи виртуального перебора молекул из баз данных с целью отбора тех из них, которые наилучшим образом взаимодействуют с белком-мишенью. Сравниваются результаты расстановки параметров алгоритмом FARS и программным комплексом CHARMM на молекулах из базы данных NCI Diversity. Программа FARS, написанная на основе алгоритма, включена в состав веб-ориентированной платформы Keenbase, предназначенной для решения задач виртуального перебора. Программа FARS успешно использовалась при проведении компьютерного эксперимента по поиску ингибиторов к заданным белкам с применением технологий распределенных вычислений. В ходе эксперимента были задействованы вычислительные мощности НИВЦ МГУ и Южно-Уральского государственного университета.