Net-Q модель учета переноса заряда и поляризации в молекулярной динамике

Предложен новый метод для динамической коррекции атомных зарядов в молекулярной динамике, который может рассматриваться как расширение методов QEq, QTPIE и fluc-q. Метод строится на графе, представляющем молекулярную систему, и разрешает перенос заряда только по его ребрам. Существенным преимуществом метода является то, что его вычислительная сложность линейна, в отличие от полиномиальной вычислительной сложности методов QEq и QTPIE. Предложенный метод правильно вопроизводит распределение заряда в диссоциационном пределе $r\rightarrow\infty$, характер динамики заряда в методе носит колебательный характер около положения равновесия, соответствующего зарядам QEq метода. Сравнение позиций докинга для белково-лигандных комплексов с зарядами, скорректированными данным методом, показывает, что они заметно менее отличаются от кристаллографических позиций, чем те, которые получаются с использованием фиксированных зарядов силового поля AMBER.