Экстремальные и перечислительные задачи комбинаторики и теории графов, конечные алгебраические структуры.
Основные публикации:
В. Е. Тараканов, “Об одном подходе к решению задачи дискретного логарифмирования с помощью рациональных аппроксимаций”, Тр. по дискр. матем., 10, Физматлит, М., 2007, 301–313
В. Е. Тараканов, “Свойства делимости точек эллиптических кривых над конечным полем”, Тр. по дискр. матем., 4, Физматлит, М., 2001, 243–258
В. Н. Сачков, В. Е. Тараканов, Комбинаторика неотрицательных матриц, Прогресс теоретической и прикладной дискретной математики, 2, Изд-во ТВП, М., 2000 , viii+448 с.
В. Е. Тараканов, Комбинаторные задачи и $(0,1)$-матрицы, Проблемы науки и технического прогресса, Наука, М., 1985 , 192 с.
В. Е. Тараканов, “Максимальная глубина произвольных классов $(0,1)$-матриц и некоторые ее применения”, Матем. сб., 92(134):3(11) (1973), 472–490; V. E. Tarakanov, “Maximum height of arbitrary classes of $(0,1)$-matrices and some of its applications”, Math. USSR-Sb., 21:3 (1973), 467–484
; V. E. Tarakanov, “Maximum height of arbitrary classes of 
